一是垃圾中转站的废水处理技术尤为复杂。垃圾中转站废水处理难度大，既有市场因素，也有技术因素，还有宏观环境和管理因素。治理过程的选择要考虑很多方面，包括污染企业的生产过程。工厂污水处理工艺复杂，部分企业投资不足，废水处理不好；部分企业投资不足，但由于后期管理不善，水标准，无法达到预期效果。与城市污水不同，垃圾中转站的废水成分复杂，工艺相对简单。

二是废水处理技术水平有限。就目前的技术水平而言，我国许多工业废水的处理理论上不符合标准，检验可以处理，但不能实现真正的长期稳定运行。例如医药废水、味精废水等，处理难度较大，现有技术水平有待改进。

三是我国经济发展不够发达，不但污水处理难，对经济贡献大的高产污染企业依然存在。对于医药工业而言，国内许多制药厂都是初级制药企业，产污严重。国外制药公司购买这些初级产品，并进行一些化学处理，以提高药效，这一过程产生的污物较少，价值较高。然而，我国的医药生产技术还不够发达，只是我国的医药生产技术还不够发达，“干货”，不仅附加值有限，而且造成环境污染。

四是工业园区垃圾中转站废水处理问题。工业园原本计划集中处理垃圾中转站的废水，但在实践中却出现了新的问题。当所有废水聚集在一起时，建立了公共中央污水处理厂，每个工厂的废水都必须经过一定程度的处理。结果是污染物容易处理的工厂自己处理，到后面污垢大多难以处理，导致污水处理厂运行负荷过大，污染物无法减排。

五是“负效应”问题。一些污染企业不愿意在废水处理上投入太多资金，追求利润的企业仍然有这样的想法，他们认为除了处理环境保护部门的检查外，没有必要增加资金。由于企业集中度的提高，工业废水无法真正有效地处理。

六是市场混乱问题。污染控制企业（环保公司）承担垃圾转运站的废水处理项目。因此，该行业出现了恶性竞争，导致一些从事工业废水处理的企业在遇到机会后进行了转型。

七是规模效应问题。与市政污水处理相比，很难形成规模效应，产生大企业。虽然这一领域也有好的环保公司，但日处理规模与市政污水处理企业相似，但很难达到100万甚至1000万吨。

八是业务模式的问题。每一家环境保护企业都有非常好的生存方式，但其主要模式仍然是“设计、采购、施工”，其他普遍适用的商业模式还在摸索中。

九是零排放误区。工业废水零排放在我国已有多年的历史，但从实际情况来看，实际的零排放还不能实现，我国目前还没有完全的零排放。零排放物的误区使许多企业在这个问题上盲目地去上设备、技术。

十是排放标准难以执行，监管不力的问题。监督不严格，“一刀切”工业废水处理行业也存在同样的问题。